O território que hoje é a cidade de São Luiz foi ocupado por La Ravardiére (Daniel de La Touche) e mais outros quinhentos franceses em 1612 para desenvolver uma colônia de seu país no local. Portugal ao perceber a ocupação do território brasileiro pelos franceses resolve se organizar de forma a expulsar tais pessoas.

Dessa forma, Portugal envia tropas para expulsar os franceses da região, o que ocorreu em 1615. Quatro anos depois, Portugal envia portugueses para colonizar o território nordestino. Após conseguir o título de vila nesse período, chegaram novos problemas para o povo português em 1641.

Jon Cornellizon Lichthardt juntamente com 2000 holandeses atacam a cidade e aprisiona o governo português. No período de governo holandês, a cidade decaiu em vários setores, o que seria irreparável se em 1644 o governo português não tivesse expulsado os holandeses do nordeste brasileiro.

Dessa forma, a cidade que antes recebeu o nome de Saint Louis foi batizada de São Luiz e oficialmente elevada a cidade em 1679. Em 1997, a cidade é tombada pela UNESCO como Patrimônio Cultural da Humanidade.